Un tatuaggio di Jane porta in un luogo dove due uomini armati si sono barricati con alcuni ostaggi. Quel luogo non è altro che un "black site" (un posto segreto) che la CIA usa per compiere azioni vietate. Quando la squadra dell'FBI condotta da Weller irrompe, si trova di fronte ad una strana situazione. All'origine di queste vicende c'è un ex collaboratore della CIA che essendo stato "licenziato" vuole vendicarsi e si allea con un gruppo terroristico per costruire un ordigno a dispersione radiologica. Nel frattempo Jane Doe sta faticosamente ricostruendo il suo passato.